Era amateur
1923-1929

Equipo juventud en 1926

El club se pensó en crear en 1923 para representar a los barrios San Roque y Rebolo de Barranquilla. El movimiento comenzó cuando el Colegio Salesiano creó el equipo Juventus, ya que ellos eran de ascendencia italiana, pero luego el equipo se conocería como Juventud.

Un grupo de aficionados al fútbol, así como los integrantes menores del Juventud crearon el 7 de agosto de 1924 en la calle 30 con carrera 29 de Barranquilla, liderados por Micaela Lavalle de Mejia, la creación del nuevo club que tuvo por nombre Juventud Infantil. El equipo original estaba conformado por Víctor Bovea, Héctor Donado, Leovigildo Rolong, Juan Mejía, Manuel Vásquez, Víctor Núñez, Alberto de las Salas, Vicente Cervera, Rosendo Barrios, Armando Moya, Aurelio Roa, Valerio Molinares, Agustín Consuegra, Simeón Manjarrés, Enrique Lamadrid, Pedro Yépez, Néstor García, Francisco Ibáñez y Nicolás Pineda. El primer partido fue el 12 de octubre de 1924 en la plaza 7 de Abril contra el Argentina F.B.C., al cual venció 2-1. En 1926 ingresa a la Liga de Fútbol del Atlántico, en la Tercera Categoría, ganando el ascenso a la Segunda Categoría en 1927. En 1929, después de 2 años en la Segunda Categoría, asciende a la Primera Categoría cambiando su nombre por el de Juventud Junior.

1930-1939

En 1932 queda campeón de la Primera Categoría.

En 1936 el equipo empezó a ser llamado Junior, como lo conocemos actualmente, teniendo en su equipo a jugadores como Roberto Meléndez, el primer jugador colombiano que juega en el exterior, y Romelio Martínez. Entre 1939 y 1940 Junior juega algunos partidos amistosos con la dirección técnica del inglés Jack Greenwell, dándose a conocer internacionalmente.

1940-1947

Entre 1942 y 1947 es considerado el mejor equipo de Colombia. En 1945 participa representando a Colombia en el Torneo Suramericano de Fútbol bajo el auspicio de la Adefútbol. En este torneo, Junior, representando a Colombia, jugó contra Brasil (perdiendo 3-0), contra Uruguay (perdiendo 7-0), Chile (perdiendo 2-0), Argentina (perdiendo 9-1), Ecuador (ganando 3-1) y Bolivia (empatando 3-3). Al final del torneo, Junior terminó quinto con 3 puntos, superando a Bolivia (2 puntos) y Ecuador (1 punto).

Era profesional
1948-1949

Atlético Junior primer subcampeón del torneo profesional en 1948

En 1948, con el nombre de Atlético Junior participa en el primer torneo del Fútbol Profesional Colombiano de la División Mayor del Fútbol Colombiano (Dimayor), quedando subcampeón con cuatro puntos por debajo del Santa Fe.1 En ese entonces el equipo era conocido como los Miuras.2

En 1949 es requerido por la Adefútbol para participar representando a Colombia en el Torneo Suramericano de Río de Janeiro, Brasil, siendo sancionado por la División Mayor del Fútbol Colombiano (Dimayor) por dos años, rompiéndose las relaciones entre la Dimayor y la Adefútbol. En el Torneo Suramericano jugó, como Selección Colombia, contra Paraguay (perdiendo 3-0), Perú (perdiendo 4-0), Brasil (perdiendo 5-0), Chile (empatando 1-1), Uruguay (empatando 2-2), Ecuador (perdiendo 4-1) y Bolivia (perdiendo 4-0). Al final del torneo, terminó último con 2 puntos, los mismos de Ecuador.

1950-1953

Junior regresa a la Dimayor en 1950 teniendo entre sus jugadores a Heleno de Freitas. Al final del torneo queda 8.º con 31 puntos. En 1951 llegan Efraín "El Caimán" Sánchez y Tim. Terminan octavos con 36 puntos. Al final del año saldrían del equipo Efraín "El Caimán" Sánchez, Heleno de Freitas y Tim.

En 1952, sin sus grandes estrellas brasileñas y el gran portero colombiano, Junior terminó sexto en el torneo con 33 puntos. En 1953 terminan 10.º del campeonato, con 15 puntos.7 También afrontan una grave crisis económica que lo obliga a retirarse de la Dimayor, pasando a participar durante 13 años del torneo aficionado de la liga departamental, desapareciendo del profesionalismo colombiano.

1966-1969

En 1966 Junior vuelve a la primera división después de 13 años de problemas económicos. En este primer torneo después de 13 años de ausencia, Junior termina octavo del torneo con 53 puntos

En 1967, Junior contrata a tres míticos jugadores brasileños: Garrincha, Dida y Quarentinha. Al final del torneo Junior termina quinto con 59 puntos.9 Garrincha solo jugó un partido contra Santa Fe. Ese mismo año salen del equipo las tres estrellas brasileñas contratadas a principio de año.

En 1968 vuelve el mítico arquero colombiano Efraín "El Caimán" Sánchez. Desde ese año el torneo se dividió en Apertura y Finalización. En el Torneo Apertura Junior termina cuarto con 35 puntos. En el Torneo Finalización Junior termina tercero con 35 puntos. Junior, con estas dos campañas se clasifica a pelear por el tercer lugar anual contra Millonarios. Pierde en la lucha por el tercer lugar anual al empatar un partido y perder el otro.10 A final de año sale del equipo el mítico arquero Efraín "El Caimán" Sánchez.

En 1969, Junior contrata al único jugador que ha logrado hacer un gol olímpico en un mundial de fútbol: Marcos Coll (logro hecho en el Mundial Chile 1962). En el Torneo Apertura termina quinto con 28 puntos. En el Torneo Finalización termina sexto con 29 puntos.